Convertir primero la imagen qcow2 a raw para exportarla a otro formato
qemu-img convert /pathAlArchivodelaVM/vm1.qcow2 -O raw /rutaAlDirectorioDedestino/vm1.raw && notify-send "Done convert"
Después la convertimos a formato vdi:
VBoxManage convertfromraw /rutadelarchivodelaVM/vm1.raw --format vdi /rutadelarchivofinal/vm1_vboxmanage.vdi && notify-send "Done convert"
Después se compacta:
VBoxManage modifyhd /rutadelarchivofinal/vm1_vboxmanage.vdi --compact && notify-send "Done compact"